home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00285 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  51 lines
  1. ************************
  2. * Dehydrins signatures *
  3. ************************
  4.  
  5. A number of proteins are  produced  by  plants  that  experience water-stress.
  6. Water-stress takes place  when  the  water  available to a plant falls below a
  7. critical level.  The plant hormone  absisic acid (ABA) appears to modulate the
  8. response of plant to water-stress. Proteins  that  are expressed during water-
  9. stress are  called dehydrins [1,2] or LEA group 2 proteins [3].  The  proteins
  10. that belong to this family are listed below.
  11.  
  12.  - Arabidopsis thaliana XERO, RAB18 and COR47.
  13.  - Barley dehydrins B8, B9, B17, and B18.
  14.  - Cotton LEA protein D-11.
  15.  - Craterostigma plantagineum dessication-related proteins A and B.
  16.  - Maize dehydrin M3 (RAB-17).
  17.  - Pea dehydrins DHN1, DHN2, and DHN3.
  18.  - Radish LEA protein.
  19.  - Rice proteins RAB 16B, 16C, 16D, RAB21, and RAB25.
  20.  - Tomato TAS14.
  21.  - Wheat dehydrin RAB 15.
  22.  
  23. Dehydrins share  a  number of  structural features. One  of  the  most notable
  24. features is the presence, in  their  central  region,  of a continuous  run of
  25. five to nine serines followed by a cluster of  charged residues. Such a region
  26. has been  found  in  all  known dehydrins so  far  with  the  exception of pea
  27. dehydrins. A second  conserved  feature is  the  presence  of  two copies of a
  28. lysine-rich octapeptide; the  first copy  is  located just after  the  cluster
  29. of charged residues  that  follows  the poly-serine region and the second copy
  30. is found at the C-terminal extremity. We have have derived  signature patterns
  31. for both regions.
  32.  
  33. -Consensus pattern: S(5)-E-x-[DE]-G-x-G-x(0,1)-[KR](4)
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  35.  for pea dehydrins and Arabidopsis COR47.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37.  
  38. -Consensus pattern: [KR]-[LIM]-K-[DE]-K-[LIM]-P-G
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  41.  
  42. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  43.  
  44. [ 1] Close T.J., Kortt A.A., Chandler P.M.
  45.      Plant Mol. Biol. 13:95-108(1989).
  46. [ 2] Robertson M., Chandler P.M.
  47.      Plant Mol. Biol. 19:1031-1044(1992).
  48. [ 3] Dure L. III, Crouch M., Harada J., Ho T.-H. D., Mundy J., Quatrano R.,
  49.      Thomas T., Sung Z.R.
  50.      Plant Mol. Biol. 12:475-486(1989).
  51.